MPGN的發病機制尚不清楚，認為與免疫學機制有關。50%～60%的MPGN患者血中出現補體C3C1q及C4降低，提示旁路途徑及經典途徑均被激活而導致血中補體的降低。并伴有免疫復合物的輕度增多及冷球蛋白血癥，腎小球內有免疫球蛋白及補體的沉積。但補體的異常與疾病的關系、免疫復合物的作用還有待進一步探討。
根據各種免疫復合物沉積在腎小球基底膜內和系膜區的形式及沉積的程度不同將MPGN分為3種類型。
1.Ⅰ型 以內皮下及系膜區的復合物沉積為主。Ⅰ型與病毒、細菌及寄生蟲感染及一些免疫復合物疾病有關(如遺傳性補體缺失、SLE、混合性冷球蛋白血癥、SBE、分流性腎炎、淋巴瘤、血吸蟲病)，但常為特發性。在Ⅰ型MPGN患者中33%～50%出現低補體血癥，25%～30%患者Clq、C4及C5降低15%～20%的患者B因子降低。
2.Ⅱ型 被稱為自身免疫性疾病在電鏡下可觀察到沿著基底膜的層黏蛋白層呈均勻一致的帶狀沉積，此型又稱為致密物沉積病(DDD)，還常伴有上皮下類似駝峰樣沉積物沉積PAS染色有時可見毛細血管襻上呈條帶狀深染Ⅱ型主要被認為與鏈球菌感染有關由于鏈球菌與腎臟抗原有交叉反應，可引起抗體介導的腎損害。Ⅱ型常并發血漿低C3水平因為部分患者血中存在補體激活物，一種自身抗體，也稱致腎炎因子或C3腎炎因子直接抗C3bBb，改變C3旁路轉化，通過與轉化酶結合，阻止一些正常抑制因子如H因子等作用，增加了補體的活化及消耗。C3腎炎因子在Ⅰ型和Ⅱ型MPGN中多見，尤其是在Ⅱ型中更為常見。部分與脂質營養不良有關。由于MPGNⅡ型主要是基底膜的損害，如有大量的致密沉積物沉積在基底膜上，這些沉積物可以激活補體，補體被一些特殊物質如核糖酶激活，通常又可以激活旁路途徑，使C3腎炎因子繼發性持續增加而導致血中補體C3的下降。Ⅱ型MPGN中。70%的患者補體C3和B因子降低。
3.Ⅲ型 內皮下系膜區及上皮下都有沉積物沉積。Ⅲ型和Ⅰ型的區別在于上皮下是否有沉積。
伴隨時間的遷移MPGN的病理改變多從增生走向明顯的硬化亞型為局灶型MPGN時病變可移行為彌漫經典型MPGN。部分小兒或青少年，開始為彌漫性MPGN，亞型多為分葉型，之后可移行為局灶型或完全緩解。