采用藥物來對抗或抑制卵巢的周期性內分泌刺激。最初是用睪丸酮類的雄性激素，因副作用較大，而且效力亦不夠強，已逐漸摒棄不用。后來則逐漸發展成為假孕療法及假絕經療法。
（1）假孕療法 用孕激素類藥物，以更大的劑量不間斷地長期服用，使得月經停止來潮，子宮內膜及異位的子宮內膜在藥物作用下發生類似妊娠的反應，所以又叫假孕療法。用于這種療法的藥物很多，并且還在發展，口服的主要有安宮黃體酮、普維拉、內美通等，肌注的有己酸孕酮。這種療法至少要持續六個月，才可以使異位內膜停止活動，最后發生萎縮，從而產生療效。
（2）假絕經療法 丹那唑是一種雄激素的衍生物，效果較好，但有比較大的副作用。目前廣泛使用促性腺激素釋放激素激動劑（GnRHa），常用的叫戈舍瑞林，它主要是能非常強烈地抑制卵巢的功能，使其幾乎完全失去作用，從而達到治療目的，而且由于這種藥物是一種長效緩釋制劑，只需一個月皮下注射一次，非常方便。這類藥物能使子宮內膜產生類似絕經婦女內膜萎縮的現象，故稱假絕經療法。