1、病毒肺炎
過敏性肺炎第一次發作易與病毒肺炎相混淆，于接觸抗原數小時后出現癥狀：有發熱、干咳、呼吸困難、胸痛及發紺。少數特應性患者接觸抗原后可先出現喘息、流涕等速發過敏反應，4～6小時后呈Ⅲ型反應表現為過敏性肺炎。體格檢查肺部有濕啰音，多無喘鳴音，無實化或氣道梗阻表現。X線胸片顯示彌漫性間質性浸潤，和粟粒或小結節狀陰影，在雙肺中部及底部較明顯，以后擴展為斑片狀致密陰影。
急性發作時，末梢血象呈白細胞計數升高（15～25）×109/L（15000～25000/mm3）伴中性粒細胞增高，但多無嗜酸性粒細胞升高，丙種球蛋白升高到20～30g/L（2～3g/dl），伴IgG、IgM及IgA升高，血清補體正常，類風濕因子可為陽性。肺功能檢查顯示限制性通氣障礙有肺活量下降，彌散功能降低，局部通氣血流比例失調，無明顯氣道阻塞及血管阻力增加。
2、鸚鵡熱，病毒性肺炎及其他感染性肺炎
過敏性肺炎可通過培養和血清學試驗與鸚鵡熱，病毒性肺炎及其他感染性肺炎鑒別。當急性發作前的典型接觸史不能確定時，由于臨床特點，X線及肺功能檢查的相似，特發性纖維化（HammanRich綜合征，隱源性致纖維性肺泡炎，內源性變應性肺泡炎）則難與過敏性肺炎鑒別。成人細支氣管炎的變異類型（如阻塞性細支氣管炎伴機化性肺炎）可類似于限制性（間質性）疾病，而且當無相關病史或剖胸肺活檢未發現典型改變時，兩者難以區別。
有自身免疫證據（抗核DNA抗體或乳膠固定試驗陽性，或有膠原性血管疾病）表示為特發性或繼發性普通間質性肺炎。慢性嗜酸性肺炎常伴周圍血嗜酸性粒細胞增多。結節病往往引起肺門和氣管旁淋巴結增大并可累及其他器官。肺血管炎肉芽腫綜合征（Wegener肉芽腫），淋巴瘤樣肉芽腫和變應性肉芽腫（ChurgStrauss綜合征），常伴上呼吸道和腎臟疾病。支氣管哮喘和變應性支氣管肺曲菌病有嗜酸性粒細胞增多和阻塞性而非限制性肺功能異常。