一般預后良好。即使病情較嚴重的腦膜炎、腦炎，大多數病例也于數日內迅速康復，僅少數患者的病程遷延數周之久。肌力減退雖較多見，但也迅速恢復。只有約5%的腦膜炎病例可有肌緊張和智力低下的后遺癥。嬰幼兒的全身性感染心肌炎、肺炎等，預后較差，病死率也較高。新生兒嚴重感染的病死率可達80%~90%。年長兒及青壯年發生心肌炎時的預后較好，大多數患者經適當治療后痊愈；小部分轉為慢性，病情有起伏或有反復發作，其中個別病例出現進行性心臟擴大、心功能減退、心律失常等，并易有栓塞并發癥。
