異染色質是指間期細胞核中，染色質纖維折疊壓縮程度高，處于聚縮狀態，用堿性染料染色時著色深的那些染色質。
異染色質又分為結構異染色質（組成型異染色質）和兼性異染色質。結構異染色質指的是各種類型的細胞中，除復制期以外，在整個細胞周期均處于聚縮狀態，DNA組裝比在整個細胞周期中基本沒有較大變化的異染色質。
兼性異染色質是指在某些細胞類型或一定的發育階段，原來的常染色質聚縮，并喪失基因轉錄活性，變為異染色質。
