果膠存在于所有的高等植物中。 在植物細胞壁中，果膠主要與纖維素、半纖維素、木質素等共價結合，形成原果膠，它是植物的一種結構物質，對維持植物的結構和硬度起著至關重要的作用。除此之外，果膠能夠調節細胞的滲透性及pH。
果膠在植物細胞壁中含量最高，在雙子葉植物中，主要存在于植物細胞壁的初生細胞壁和中間片層中，占30%~35%。 目前，用于生產商品果膠的原料主要是柑橘和蘋果皮渣。 此外，有大量研究從豆腐柴葉、香蕉皮、向日葵、甘薯及薜荔仔等副產物中提取果膠，不過這些原料的研究目前還僅限于實驗室的基礎研究中。
不同原料中果膠含量相差較大。