1、肝細胞膜損傷：
細胞膜的結構和功能維持正常是細胞行使生理功能的一個重要保證，生物膜流動性異常可造成細胞功能紊亂或崩潰。在肝臟，由于肝細胞膜和線粒體膜的脂質富含多不飽和脂肪酸，而多不飽和脂肪酸不僅比飽和脂肪酸更易被氧化，也比飽和脂肪酸更易合成磷脂和甘油三酯，加之肝細胞線粒體代謝活躍，這使得肝細胞膜對自由基和脂質過氧化損傷更加易感，在致病因素作用下更容易出現損傷。
2、線粒體損傷：
線粒體損傷也是肝細胞損傷的重要組成部分。高脂飲食大鼠脂肪性肝炎模型顯示，肝細胞線粒體增大、腫脹，嵴粒脫落、減少，部分可看到高密度結晶樣物質沉積，肝臟ATP含量呈減低趨勢。因此，脂肪性肝炎患者可能存在線粒體結構損傷和ATP儲備降低。
3、內質網損傷：
內質網的生理作用是對細胞內合成的大約1/3的蛋白質進行修飾、折疊和寡聚化，使之形成正確的構象，并且參與脂質代謝和類固醇激素的合成以及鈣的儲存。肝炎病毒感染導致細胞水分丟失，出現脫水以及粗面內質網上的核糖體脫落，進而導致蛋白合成起始場所的缺失；細菌感染和有毒物質侵襲，肝細胞解毒功能受到影響，內質網變得肥大。