新型隱球菌呈圓形或卵圓形,外裹由細胞壁和莢膜組成的被膜,廣泛存在于土壤、蔬菜、牛奶、草地及鴿糞中。新型隱球菌多由呼吸道吸入,可產生一種胞外磷脂酶B,破壞肺泡中的表面活性物質,進而改變肺組織的物理特性,數月內經血行播散至腦或腦膜。