1.兩性霉素B（二性霉素B）
它能選擇性地與真菌細胞膜上的麥角甾醇結合，增加細胞膜的通透性，使菌體內物質外滲導致真菌死亡。
2.氟康唑
通過抑制細胞色素P依賴酶，抑制細胞膜麥角甾醇的生物合成而發揮殺菌作用。該藥易通過血腦脊液屏障，腦脊液中濃度可達血漿中80%左右，是艾滋病合并隱球菌腦膜炎患者的首選藥。
3.5-氟胞嘧啶
該藥易透過血腦脊液屏障，但單獨應用易產生耐藥性，與兩性霉素B(AMB)并用有協同作用，能減少兩性霉素B用量從而降低其毒性作用。
本病一經確診，需立即抗真菌治療。用藥途徑及療程應個體化，一般總療程為2.5～11個月。停藥指征為：臨床癥狀及體征基本消失，腦脊液（CSF）、常規檢查正常，CSF直接鏡檢和培養陰性3～4周（每周1次），兩性霉素B總量達1.5～3g。另外對顱內壓增高者應用甘露醇及呋塞米（速尿）等脫水劑，顱內膿腫或肉芽腫可考慮手術切除，嚴重腦積水可行腦脊液分流術并加強全身營養支持療法。
