Didlake等強調膽囊管解剖變異與本征發生有關。病變基礎是：膽囊管開口過低或平行于膽總管；相鄰兩管壁有時缺如，僅間隔一層覆有膽管上皮的薄的纖維膜；有時周圍組織形成一鞘樣結構，將膽囊管與肝總管一并包裹在內。這樣的結石一旦嵌頓在膽囊管中，十分容易壓迫肝總管使之狹窄，甚至形成瘺。其他存在的因素還有：
1.膽囊頸或膽囊管結石嵌頓，膽囊結石或炎癥壓迫肝總管或炎癥累及肝總管。
2.伴有膽囊周圍炎，膽囊三角有嚴重的炎癥細胞浸潤。
3.由于膽總管壁神經元數目的減少，造成膽總管調節障礙。
以前有許多學者認為大結石是發生解剖功能綜合征的主要因素，經過研究發現大小在5～15mm的膽囊結石易嵌頓于膽囊頸或膽囊管，從而發生解剖功能綜合征。