多囊病須與單純性腎囊腫、孤立性多房囊腫等多發性單純囊腫、腎結核、肝或腎棘球蚴病、腎腫瘤、腎盂積水、慢性腎炎、腎盂腎炎以及腹腔內其他器官囊腫等鑒別。發生血尿者須與新生物、腎結石等引起血尿的其他疾病進行鑒別。
腎積水
腎積水也可表現為腰部脹痛及腰腹部囊性腫塊。但尿路造影顯示腎盂腎盞擴張，其間沒有分隔，也無受壓、伸長改變，腎皮質變薄，并可明確梗阻的原因。B超示腎臟體積增大，腎實質變薄，中間為液性暗區。
單純性腎囊腫
單純性腎囊腫多為單側。IVU檢查示腎影局部增大，邊緣呈半球狀突出，腎盂或腎盞有弧形壓跡。B超檢查示腎實質內邊緣清楚的圓形液性暗區。CT檢查見腎臟局部圓形、壁薄且光滑、不強化的囊性占位。
多房性腎囊腫
ADPKD主要考慮與多房性單純腎囊腫鑒別，要點見表19-30。其他鑒別需考慮ARPKD，獲得性腎囊腫，多囊性腎發育不良等。多房性腎囊腫可有血尿、腰痛、高血壓及腰腹部腫塊，但無腎功能損害。B超及CT檢查見局限于單側腎臟內的單個囊性腫塊，內有許多間隔，將囊腫分為多個互不相通的小房。
表19-39 早期ADPKD與多房性單純性腎囊腫鑒別表
特點 多房性單純性腎囊腫 ADPKD 家族史 無 約60%有 其他家庭成員超聲波檢查證實有囊腫 無 約90%有 年齡 成人多見 兒童多見 性別 男＞女 男=女 腎臟大小 正常 正常至輕度增大 腎臟累及范圍 通常單側，可以雙側 通常雙側，早期可單側 囊腫分布 皮質 皮質和髓質 囊腫大小 通常＜2cm，偶爾更大些 早期＜2cm 囊內出血 罕見 常見 肝囊腫 無 40%～60%有，可隨年長而增加 顱內小動脈瘤 無 10%～40%有 高血壓 罕見 60%有
腎腫瘤
腎腫瘤有血尿、腰痛和腎臟腫塊，但無慢性腎功能損害。腫塊多發生于單側腎臟，且B超和CT檢查示邊緣不清楚的實質性占位。腎動脈造影可發現腫塊邊緣血管增多，腫塊內散在斑點狀造影劑聚集。
ARPKD要考慮雙側腎臟Wilms腫瘤，腎臟細菌瘤（nephroblastomatosis）及ADPKD。患兒家庭成員檢查、肝臟檢查包括超聲、肝活檢等有助于鑒別診斷。最近有認為母親血或羊水中α-甲胎蛋白的檢測可作為產前診斷的一項指標。