肛周膿腫最主要的癥狀是疼痛，這種疼痛會非常劇烈，且逐漸加重，很多患者說會吃不下，睡不著。膿腫自行潰破后，疼痛暫時有所緩解。
低位膿腫出現劇烈肛門疼痛，且這種疼痛持續不減。直腸周圍膿腫（高位）就不一定會疼痛。因為直腸周圍屬于盆腔，這里分布的植物神經對普通刺激不敏感，最主要表現是局部墜脹和便意感。
肛周膿腫的另一癥狀是發熱，最高可超過40℃。一般來說，膿腔越大越深，發熱的概率就大。部分患者還會出現大小便不暢、納差、失眠。
