對反復呼吸道感染的患兒，如有條件應作這項檢查，以觀察免疫功能是否正常。由于先天性免疫缺陷病患兒最主要的癥狀也是反復呼吸道感染，并且這些患兒的免疫功能存在明顯異常，通過檢查免疫功能能把這類患兒區別開來，有利于指導治療。免疫功能檢查包括兩方面：
（1）體液免疫功能與人體抗御細菌感染的抵抗力有密切關系。主要是檢測血清免疫球蛋白包括（IgG、IgA、IgM、IgD及IgE）。如無條件作這一檢查，也可檢測血漿蛋白定量及血清蛋白電泳，初步判斷患兒的體液免疫狀態。部分反復呼吸道感染患兒血清IgG或IgA可低于正常人應有的水平，但又達不到診斷免疫缺陷病的水平。
（2）細胞免疫功能主要指人體對病毒侵入的抵抗能力。包括T細胞亞類（CD細胞分類）及遲發性超敏反應皮膚試驗（PPD、PHA皮試）。有些患兒，特別是合并營養不良時常表現為外周血輔助性T細胞（CD4細胞）數量下降，皮膚試驗反應也低下。以上免疫功能的輕度異常可能是由于細菌或病毒等微生物反復刺激免疫系統，使免疫活性細胞處于疲憊狀態，而引起免疫功能低下。
作為反復呼吸道感染患兒的家長一定要注意，孩子必須進行免疫功能檢查，以確定反復呼吸道感染是不是因為免疫缺陷病所引起，因為兩者的治療及預后截然不同。