確切病因不明。現有資料認為環境、免疫、微量元素、激素與遺傳因素與本病的發生和發展相關。
環境因素
（1）微生物感染
單純皰疹病毒、丙型肝炎病毒、鏈球菌sanguis、結核桿菌均被疑為可能的病因，然無確切證據。有人認為熱休克蛋白（heat shock protein，HSP），一種真核生物進化過程中保留的極為保守而廣泛存在的分子，它們在熱度、與自由基接觸、缺氧、主要營養成分缺乏的刺激下可以由細菌或宿主細胞產生。細菌產生的HSP可以刺激病人的T淋巴細胞。
1）病毒 早期認為病毒為其發病原因，后經流行病學，組織培養、血清學、動物接種，免疫熒光及電鏡等檢查均未能得到進一步證實。洗染報告認為發病可能與慢病毒感染引起的自體免疫異常有關；還有些報告發現HSV-1與本病發生關系的證據，如患者血中抗HSV-1與本病發生關系的證據，如患者血中抗HSV-1抗體滴度升高HSV-1影響CD4淋巴細胞而致免疫異常以及HSV-1具有與本病周圍血淋巴細胞同源的DNA。
2）鏈球菌 由于一些患者常發扁桃體炎、咽炎及牙周炎等疾病，故認為發病與這些病灶中的細菌有關。研究發現病人血清中抗鏈球菌抗體滴度升高；從病人口腔內分離的菌株中以鏈球菌關系最密切，而特別是血鏈球菌（s.sanguinis），以其菌體成分進行皮內試驗及巨噬細胞游走抑制試驗均可得到陽性結果；鏈球菌的65-KDa熱休克蛋白試驗能引起皮膚超敏反應和系統性癥狀。這些研究主要在日本學者中進行，雖認為在發病中有重要作用，但并未獲得一致結論。
3）結核菌 自1964年，在我國有認為發病與結核菌感染有關的病例報告，即在Behct病初發損害之前已患有結核病，如肺結核、淋巴結核等多種結核病灶。可以是陳舊性病灶，而以活動性病灶居多。OT試驗大都為強陽性；抗結核藥物治療，不但對原發病灶有明顯效果改善Behcet病的有關損害，因而認為是結核菌的一種過敏性表現。結核菌的65-KDa熱休克蛋白也與本病發生有關。
（2）地理
本病患病率高的人群都位于一個特點的地區，橫跨亞洲，屬當年東西方商業交流的路途。而且同為土耳其人，移居德國后的患病者較歐洲部分的土耳其人低5倍，較亞洲部分的土耳其人低18倍。移居夏威夷后的日本人其患病率低于日本本土者。這些都提示一個未知的與地理環境有關的因素在起作用。
（3）種族
西方白種人的患病率明顯較中東人及黃種人為低。在伊朗境內的土耳其族患病率明顯高于該國的其他民族。伊朗另一少數民族來自古老的稚利安族（白人種族），罕見BD。
遺傳因素
（1）家系調查
BD有家族史者在日本為2%～3%，在土耳其及其他中東國家為8%～34%，大部分為一級親屬。土耳其有報道患者的同胞患病的危險因子達11.4～52.5。說明BD有遺傳的傾向。
（2）遺傳基因
①HLA-B5（B51）：各國均報道了BD與HLA-B5（B51）有密切相關性。在亞洲具此基因的BD患者達81%，日本達55%，對照人群10%～15%，相對危險性6.7。歐洲10個國家BD者的HLA-B5的陽性率為25%～79%，而各自的對照組為3%～28%，相對危險性1.5～10.9。在我國BD患者的HLA-B頻率為37.5%。許多人認為HLA-B*5101（B5的亞型）具有貝赫切特病基因的決定簇（即DAIXXXXXF），它可能起自身抗原的作用。在有嚴重內臟病變和眼病的BD，HLA-B5（B51）的陽性率較無內臟病變和眼病者為高，因此它也被認為與BD疾病的嚴重性相關。
②MIC：本基因位于第6染色體HLA-B位點與TNF位點之間，靠近B位點，有亞型A與B。MIC A與BD有關。MIC A在BD中較對照人群明顯升高（前者為74.0%，后者為45.6%）。但有人以為MIC A與B51有很強的連鎖，且其異質性低，因此不像是一個與BD相關的主要基因。MIC A主要由內皮細胞及纖維細胞表達，它刺激T淋巴細胞和NK細胞的活化，因此BD的血管損傷可能與它有關。
微量元素
少數報告發現患者病變組織如血管內皮細胞、巨噬細胞、腓腸神經以及房水、血清和中性粒細胞內多種微量元素含量增高，研究較多的是有機氯，有機磷和銅離子，其中以后者含量最高，這可能是由職業或環境因素所致。
免疫異常
患者血清中存在抗口腔粘膜抗體，抗動脈壁抗體；另外，血清中尚存在復合物，其陽性可達60%，并與病情活動有關；除IgG、IgT和IgM輕度升高外，有時IgE升高；DIF檢查發現血管壁特別是細靜脈壁內存在IgG、IgA、CIC和C3。在體外試驗中這些患者的淋巴細胞轉化試驗值一般偏低，DNCB皮膚試驗多為陰性，T-細胞和TH細胞值均降低；結節性紅斑樣損害中浸潤的細胞主要是T細胞，而特別是TH和NK細胞，而眼球組織內浸潤細胞主要是CD4淋巴細胞和巨噬細胞，很少B細胞和NK細胞，這些CD4淋巴細胞與巨噬細胞是HLA-DR（+）的。以上事實說明本病有體液免疫與細胞免疫常表現，但一般傾向認為細胞免疫異常與本病發生關系更為密切。
性激素
曾測定21例男性和排卵前期女性性激素，如睪酮、孕酮、雌二醇，促黃體生成素、促卵泡生成素和垂體催乳素，經統計學處理，男性睪酮和女性孕酮值比對照組低，其p值分別為＜0.01和0.05，其余均在正常范圍；同時測定14例排卵前期女性患者PGF-2d，其平均值較對照組低約2倍以上（p＜0.001）。
其他
本病病因雖未明確，但發病與免疫異常是有關的，在免疫調節和炎癥反應過程中，細胞成分發生改變及所產生的多種活性物質，如纖溶酶抑制物可使纖溶酶溶解纖維蛋白的活性降低，而致纖維蛋白原含量增高；以及中性粒細胞的趨化性增強；腫瘤壞死因子（TNF-beta）、IL-2和IL-6等產生，這些在病變的發展中可能也有一定作用。