現代外科和麻醉技術及設備，包括抗生素和糖皮質激素藥物的應用，明顯減少了術后感染和無菌性炎癥的發生率，也改善了圍手術期的并發癥和死亡率。顱咽管瘤最好的治療效果是使長期并發癥達到最小。治療方法包括單純手術、單純放療，更常見的是聯合手術及放療的方法。
由于顱咽管瘤多數起源于下丘腦漏斗和垂體柄段，同時與周圍視神經、視交叉、頸內動脈及其穿支關系緊密，手術全切除仍然是挑戰。
單純手術的方法是在不損傷神經血管和視神經的前提下盡力全切除腫瘤，當腫瘤與下丘腦、視神經和頸內動脈等重要結構粘連緊密，全切除腫瘤有可能導致嚴重并發癥時則采取次全或大部切除腫瘤，目的是縮小腫瘤體積，減輕對視神經的壓迫和重建腦脊液循環通路，同時術后輔以放射治療。
術后放療有可能降低殘留腫瘤的復發率。對于復發體積較小的腫瘤，或術后觀察期間殘存腫瘤有進展時，可單純采用放療的方法。