本病尚需與下列疾病作鑒別：
1.腎結核
本病可有發熱，尿路刺激及膿尿等癥狀，與腎盂腎炎相似，但腎結核時膀胱刺激癥狀十分明顯而持久，尿沉渣涂片可找到抗酸桿菌，尿細菌培養結核菌陽性等可資鑒別，必要時作靜脈腎盂造影，如發現腎實質蟲蝕樣破壞性缺損則對診斷腎結核有助。
2.慢性腎小球腎炎
如有水腫，大量蛋白尿則鑒別不難，腎盂腎炎的尿蛋白量一般在1～2g/d以下，若大于3g則多屬腎小球病變，但本病與隱匿性腎小球腎炎較難鑒別，后者尿常規中有較多紅細胞，而腎盂腎炎則以白細胞為主，此外，尿培養，長期觀察患者有無低熱，尿頻等癥狀亦有助鑒別，晚期腎炎繼發泌尿系感染，鑒別困難，此時可詳細詢問病史，結合臨床特點加以分析。
3.下尿路感染
上，下尿路感染的處理與預后不同，故定位診斷十分重要，當腎盂腎炎的高熱等全身癥狀和腰痛，腎區叩痛等腎臟表現不明顯時，臨床易誤為下尿路感染，尿沉渣抗體包裹細菌陽性有助于診斷腎盂腎炎，必要時可做膀胱沖洗滅菌法尿培養，若膀胱沖洗滅菌100min后留取膀胱尿菌數較少，提示膀胱炎，如滅菌前后菌數相似，則為腎盂腎炎。
臨床上有一種稱為尿道綜合征，好發于中年女性，以尿頻，排尿不暢為主要表現，常被誤認為不典型慢性腎盂腎炎而長期盲目應用抗菌藥物治療甚至造成不良后果，必須予以鑒別，本征患者尿白細胞也可增多，但尿菌培養陰性可資鑒別。