丙型肝炎的預防方法基本與乙型肝炎的相同。我國預防丙型肝炎的重點應放在對獻血員的管理，加強消毒隔離制度，防止醫源性傳播。國外報告，對獻血員進行抗HCV篩查，可排除85%具有HCV傳染性的獻血員，從而明顯降低輸血后丙型肝炎的發病率。由于獻血員抗HCV陽性率與ALT水平和抗-HBc是否陽性有關，ALT（丙氨酸轉移酶）異常和抗HBc陽性者抗HCV陽性率明顯高于ALT正常和抗HBc陰性者（44%：0.5% ），因此，在尚無條件進行抗HCV篩查的地區，可對獻血員作ALT和抗HBc篩查。據報道，排除ALT異常的獻血員后，輸血后丙型肝炎發病率可下降 47.4%；排除抗HBc陽性的獻血員后，輸血后丙型肝炎發病率下降33%；如上述兩項指標異常的獻血員均被排除，則輸血后丙型肝炎發病率可下降 61.2%。
最近，美國疾病控制中心報告，經皮膚感染丙型肝炎病人血液者，于暴露后立即注射免疫蛋白（0.06ml/kg）可能有預防作用。
本病的最終控制將取決于疫苗預防。HCV分子克隆的成功，為本病的疫苗預防提供了可能性，未來的丙型肝炎疫苗應包括各種不同重組的HCV毒株，或根據各地流行的HCV毒株來構建丙型肝炎疫苗。
無論是急性丙型肝炎，還是慢性丙型肝炎，標準治療方案都是聚乙二醇干擾素（alfa-2a 或alfa-2b）聯合利巴韋林。這也是唯一有效治療丙型肝炎的方案。聚乙二醇干擾素alfa由于一周一次給藥，給藥次數大大減少，方便了病人用藥，相對于普通干擾素的一周三次或隔日一次，聚乙二醇干擾素又稱為長效干擾素。兩種長效干擾素聯合利巴韋林的直接比較臨床試驗表明：12kDa的聚乙二醇干擾素alfa-2b的復發率明顯低于40kDa聚乙二醇干擾素alfa-2a，原因可能與抗病毒活性及分子大小引起的藥物分布有關。一般認為，聚乙二醇的分子量越大，抗病毒活性越低，12kDa的聚乙二醇干擾素alfa-2b的活性明顯高于40kDa的長效干擾素；而且，12kDa的長效干擾素可以全身分布，不僅清除肝內的主要病毒，更可以清除淋巴結、腎臟、脾臟、腎上腺、唾液腺等肝外病毒，故停藥后的復發率較低。40kDa大分子聚乙二醇干擾素由于分子過大，限于血管和肝內分布，對肝外的病毒清除不利。不僅加重肝臟負擔，排泄慢，而且由于不經過腎臟排泄，當發生不良反應時撤藥困難。一般認為，由于頭對頭比較的IDEAL試驗結果的公布，12kDa聚乙二醇干擾素alfa-2b應做為治療丙型肝炎的優先用藥。
