1、常規檢查 白細胞總數及中性粒細胞增多，紅細胞與血紅蛋白減少則因出血程度而異，血小板可減少。腸炎型者可有血樣或黏液血便。
2、細菌的分離和鑒別 取血、膿、痰、腦脊液、淋巴結穿刺液等材料送檢。一般檢查程序包括顯微鏡檢查、培養、鼠疫噬菌體裂解試驗和動物實驗，簡稱四步試驗，以上四步均獲陽性結果可確診鼠疫。
3、血清學檢查 ①熒光抗體染色鏡檢(IFA)。具有快速、敏感度及特異性較高的優點，但有假陽性或假陰性。②間接血凝反應(IHA)。是將鼠疫特異性抗原(或抗體)致敏的紅細胞與被檢材料混合，用于檢查和測定鼠疫抗體(或抗原)。是一種快速、敏感、特異性高的血清學診斷方法。不僅可檢查活菌和死菌，也可檢查可溶性抗原以及污染、腐敗的材料。70年代于我國得到普遍推廣，是目前行之有效的快速診斷方法之一。③放射免疫沉淀試驗(RIP)。敏感、高度特異，不僅是目前鼠疫監測、查源較為理想的方法之一，特別是輕型和不典型病例的追索診斷，作為補充IHA的不足，具有一定的實用價值。④葡萄球菌A蛋白的血凝改進方法(SPA-IHA)。比間接血凝的檢出率高，方法更簡便，適于野外基礎實驗使用。
4、聚合酶鏈反應(PCR)檢測 可以在幾小時內作出診斷，是一種快速和高度特異的方法。對鼠疫監測、臨床早期診斷及分子流行病學調查有重要意義。
5、其他的檢測方法有ELISA法及放射免疫法等。[3]