1. 高顱內壓綜合癥：顱內壓增高時可導致頭痛、嘔吐，多在活動站立后減輕，久臥后加重。常有眼底視神經乳頭水腫、腰穿腦脊液壓力高于正常。有時頭顱X線或CT可見顱內高壓的特殊改變。
2. 蛛網膜下腔出血：由于低顱壓綜合癥也可突然發病，表現出頭痛、嘔吐、頸強直及畏光等癥狀和體征，特別是在腰穿腦脊液壓力為零時易誤認為穿刺未成功因而反復穿刺造成出血而誤診。蛛網膜下腔出血發病更為突然，病前常有誘因，頭痛與體位關系多不明顯且常伴有意識障礙，有時伴有腦神經麻痹特別是動眼神經麻痹，眼底檢查有時有玻璃體下出血、腦脊液壓力高為均勻一致血性腦脊液放置使紅細胞沉淀后腦脊液呈草黃色。
3. 癲癇小發作：應與顱內低壓時的暈厥發作相鑒別，一般癲癇小發作發作頻繁發生與終止均較快，腦電圖常有特殊改變。
4. 前庭疾病：特別是在老年患者應與原發性顱內低壓相鑒別，有時須借助腰穿測腦脊液壓力才能判斷。
