未手術的房間隔缺損病人自然病程與缺損的類型、分流量大小及是否合并有其他類型的心臟畸形有關，多數可生長至成年，但壽命縮短，病人死于充血性心力衰竭。單純繼發孔型房間隔缺損手術死亡率低于1%。手術后由于血流動力學的改善，病人癥狀明顯減輕或消失，其長期生存率與正常人對比無顯著差異。成年患者特別是合并有心功能不全、心律失常或肺動脈高壓者，手術死亡率相對較高，有時盡管成功接受了手術修補，已有的肺動脈高壓和右心室肥大依然存在，但病人心臟功能可得以改善，其長期存活率也明顯高于未手術病例。
