凝膠中蛋白的檢測
凝膠染色的目的是使其中的蛋白質能夠被觀察到。目前還沒有通用的染色方法，只能在考慮多種因素如需要的靈敏度、線性范圍、方便程度、費用、以及成像設備類型等基礎上，結合實際進行選擇。有時也可以將蛋白轉膜后通過免疫印跡的方法來進行檢測。
圖像采集和分析
成像設備可以攝人圖像，對凝膠圖像以數字形式保存，對每塊凝膠圖像進行平等的比較，在各研究組之間傳遞信息，并對大量的數據進行歸類分析。目前應用較為廣泛的圖像分析軟件有PDQuest、ImageMaster 2D Elite、Melanie、BioImage Investigator等，分辨率較高，功能齊全。盡管如此，仍不可避免約10%的未檢出點和假點，需要手工添加、刪除和分割。圖像采集完成后。可以應用各種分析軟件進行分析，可以收集、詮釋、比較蛋白質組數據資料等。
蛋白鑒定
一旦通過差異分析或其它方法找到感興趣的蛋白后．就可以從凝膠中或膜上切取這些目標蛋白質作鑒定。現在絕大多數蛋白質的鑒定是通過質譜分析來完成的。