干酪乳桿菌作為益生菌之一被用作牛奶、酸乳、豆奶、奶油和干酪等乳制品的發酵劑及輔助發酵劑，尤其在干酪中的應用較多，適應干酪中的高含量鹽及低PH值，通過一些重要氨基酸的代謝以增加風味并促進干酪的成熟。無糖酸奶醇和益生菌結合生產得到的功能性酸奶，其特殊之處在于：一方面，原料中未添加蔗糖和單糖，而是選用作為功能性甜味劑的木糖醇，這樣可以避免血糖水平升高；另一方面，有獨特保健功能的益生菌存在，可幫助消化、防止便秘及細胞老化，抗腫瘤和調節人體機能。因此，在食品向天然型和功能型發展的今天，生產這種產品是益生菌制品乃至干酪乳桿菌制品的發展方向之一。
干酪乳桿菌具有良好的耐酸及膽汁抗性，可降低血漿膽固醇，增強宿主對微生物病原體的非特異性抵抗力，加快清除腸道內病原體，治療腸道菌群紊亂和增強腸道透性，從而防止食物過敏和急性腹瀉。此外，干酪乳桿菌還可使抗低密度氧化脂抗體和淋巴細胞增加，使粒細胞的噬菌作用明顯增強，對宿主進行免疫調節，防止腫瘤的產生。由于能夠在人體腸道內穩定存活并具有眾多的醫療保健功能，干酪乳桿菌作為益生菌被廣泛應用于功能性食品，特別是乳制品的開發中，并逐漸為人們所關注。