異型乳酸發酵(heterolactic fermentation)除生成乳酸外還生成CO2和乙醇或乙酸。其生物合成途徑也有兩種：6-磷酸葡萄糖酸途徑和雙歧(bifidus)途徑，前者的代表菌株有腸膜明串珠菌(Leuconostoc mesenteroides)及葡聚糖明串珠菌(L．dextranicum)，后者代表菌株為雙歧桿菌(Bi fidobacterium bifidum)。
葡萄糖轉化成6-磷酸葡萄糖酸(6-phosphoglu-conate)后，在6-磷酸葡萄糖酸脫氫酶(6-phosphogluconate dehydrogenase)作用轉化為5-磷酸核酮糖(ribulose-5-phosphate)，經5-磷酸核酮糖-3-差向異構酶(ribulose-5-phosphate-3-epimerase)的差向異構作用生成5-磷酸木酮糖(xylulose-5-phosphate)，5-磷酸木酮糖在磷酸酮解酶(phosphor01ysis ketonase)的催化作用下可分解為乙酰磷酸(acetyl phosphate) 和3-磷酸甘油醛。前者經磷酸轉乙酰酶(phosphotransacetylase)作用轉化為乙酰CoA，再經乙醛脫氫酶(acetaldehyde dehydrogenase)和乙醇脫氫酶(aclhoi dehydrogenase)作用最終生成乙醇；后者經EMP途徑生成丙酮酸，在乳酸脫氫酶的催化作用下轉化為乳酸。通過6-磷酸葡萄糖酸異型乳酸發酵途徑，1分子葡萄糖最終可轉化為1分子乳酸和1分子乙醇，從而得出乳酸對糖的理論轉化率為50%。