反應物的起始硅鋁比對最終的反應產物有很大的影響，但是這兩者又沒有一定的對應關系。一般而言低硅鋁比的LTA分子篩、SOD分子篩、FAU分子篩等都是從低的硅鋁比和高的堿度的原始投料體系中晶化而得的。對于ZSM-5，Beta等這類高硅沸石往往都是從高的投料硅鋁比以及低堿度的原始投料中獲得的。通常而言，增加投料的硅鋁比在一定范圍里往往能增加產物的硅鋁比，但是并不是所有分子篩都能通過調節原料硅鋁比來合成高硅或低硅的產物，如高硅LTA分子篩、低硅ZSM-5分子篩等超出正常硅鋁比范圍的產物是很難合成的。另外，最終產物中得到的硅鋁比往往低于原始投料的硅鋁比，這是因為OH-優先溶解硅物種，使鋁物種幾乎全部進入骨架，母液中留下的是可溶的多余的硅。