克雷伯氏菌屬作為人和動物腸道的共生菌群，肺炎克雷伯氏菌和產酸克雷伯氏菌常出現于人和動物的糞便中。由于大腸桿菌在糞便標本中的干擾，常規的分離技術對克雷伯氏菌的分離并不十分有效。
根據克雷伯氏菌的有關特性，人們先后發明了各種用于臨床分離的選擇培養基，一種是麥康凱-肌醇-羧芐青霉素（MIC）瓊脂，在該培養基上克雷伯氏菌呈紅色菌落，實驗證明該培養基對克雷伯氏菌的選擇性達97%-99%，羧芐青霉素的作用是抑制大腸桿菌和有關細菌的生長；再一種是simmon's枸櫞酸鹽瓊脂（SCA），只有利用枸櫞酸鹽為惟一碳源的克雷伯氏菌才能在SCA上生長，呈較小的藍色菌落，大腸桿菌一般不能生長；第三種是Kregxen等人發明的一種不含抗生素的選擇性培養基，由simmon's枸櫞酸鹽瓊脂和1%的肌醇組成，克雷伯氏菌在該培養基上長成較大的黃色濕潤菌落，而大腸桿菌為微小的無色菌落。
通常根據生化反應即可鑒定本屬菌，主要根據吲哚試驗、MR試驗、果膠酸鹽降解、10℃生長、發酵菊糖、D-松三糖和L-山梨糖試驗及龍膽酸鹽利用等。另外衛矛醇、側金盞花醇等糖類發酵也可采用。