腎積水的手術治療應早期進行。合理的應用整形手術，糾正腎盂輸尿管連接部異常，爭取腎功能的較大恢復。腎積水嚴重，腎功能破壞十分嚴重，而對側腎正常者，可作積水腎切除術。
手術的原則是梗阻較輕，腎盂腎盞擴張不嚴重時，作單純矯形手術；擴張明顯者，應切除病變的狹窄段及過度擴張的腎盂，再作吻合術；更嚴重者作腎切除術。
雙腎積水治療上要更慎重，要盡一切可能保留腎臟。一般有幾種情況：
1.一側腎積水嚴重
一側較輕：可先治療嚴重的一側。以免發生腎功能不全，手術成功后可為對側手術時增加安全性。較輕側要慎重判定手術適應證，必要時可嚴密觀察。
2.兩側腎積水嚴重
可分期治療，但仍以先處理較重側為好。
3.兩側腎積水輕
要仔細分析，確定手術適應證。