肺部真菌感染常繼發于嚴重的原發病，癥狀、體征常無特異性，可有以下臨床表現：
1.隱匿性感染
無明顯的癥狀和體征，可自愈。
2.流感樣癥狀
表現為發熱、畏寒、頭痛、流涕、關節痛、肌痛等。
3.肺部表現
（1）肺炎或支氣管炎 最常見，與一般細菌性肺炎難以鑒別。可有發熱、咳嗽、咯白色黏稠痰或膿痰、咳血、胸悶、氣喘等呼吸道癥狀，肺部可聞及干濕性啰音，可伴有少至中量胸腔積液。（2）肺結核樣表現組織胞漿菌病、皮炎芽生菌病的臨床表現有時酷似肺結核，可有干咳、咯血、胸痛等呼吸道癥狀及午后低熱、盜汗等“結核中毒癥狀”。
（3）肺膿腫和膿胸 常急性起病，可有寒戰、高熱（多呈弛張熱）、咳嗽、咯黏液膿性痰，有時痰中臭味明顯，咯血多為痰中帶血。
（4）腫瘤樣表現 如肺隱球菌瘤、組織胞漿菌瘤、球孢子菌瘤等，酷似周圍型肺癌。皮炎芽生菌病、曲霉感染等可破壞肋骨與椎骨，似轉移癌之骨質破壞。
（5）肺栓塞和肺梗塞 如嗜血管性的毛霉，易侵犯血管，肺部感染時常導致肺栓塞甚至肺梗塞，似肺血栓栓塞癥。
（6）其他 可引起彌漫性肺間質性病變，或類似結節病表現。