不動桿菌的耐藥性是一個嚴重的問題。耐藥率呈上升趨勢，如對環丙沙星的耐藥性越來越強。目前已發現不動桿菌對氨芐西林、頭孢唑啉及氯霉素等有較強的耐藥性。
耐藥率尚較低的有亞胺培南-西司他丁、頭孢他啶、頭孢哌酮-舒巴坦、氨芐西林-舒巴坦，哌拉西林-他唑巴坦及阿米卡星等。所以臨床應用上首選頭孢哌酮-舒巴坦、亞胺培南-西司他丁，還可選用氨芐西林-舒巴坦、替卡西林-克拉維酸、阿米卡星、新一代氟喹諾酮類。β-內酰胺類與氨基糖苷類（或氟喹諾酮類、利福平）聯合應用常用于病情較重者。
