1.主要影響耳蝸神經，使患者高頻聽力首先受損，以后聽力減退逐漸發展至耳聾、耳鳴和耳部飽脹感等癥狀。
2.腎毒性：主要損害近端腎小管，可出現蛋白尿、管型尿，繼而出現血尿、尿量減少或增多，進而發生氮質血癥、腎功能減退、排鉀增多等。
3.神經肌肉阻滯：阿米卡星具有類似箭毒阻滯乙酰膽堿和絡合鈣離子的作用，能引起心肌抑制，呼吸衰竭等。原有肌無力癥或已接受過肌肉松弛藥者更易發生。
4.過敏反應：少數患者用藥后可出現過敏反應，包括過敏性休克、皮疹、蕁麻疹、藥物熱等。
5.其他：阿米卡星可干擾正常菌群，長期用藥可導致非敏感菌過度生長。