1.一般治療
急性期應臥床休息。飲食以無刺激、易消化、營養豐富、多次少餐為原則。限制纖維素攝入。腹瀉嚴重者可采用靜脈高營養療法。
2.內科治療
（1）收斂解痙 阿司匹林可有效地控制放射性腸炎的早期腹瀉，可能與抑制前列腺素的合成有關。
（2）局部鎮痛劑和糞便軟化劑 有顯著里急后和疼痛者，可用2%苯唑卡因棉籽油保留灌腸。用溫石蠟油保留灌腸或溫水坐浴。
（3）激素灌腸 琥珀酰氫化可的松加溫鹽水保留灌腸，特別對里急后重者有效。
（4）骶前封閉療法。
（5）止血 低位腸出血可在內鏡直視下壓迫止血或使用止血劑或出血點做“8”字縫合止血。但不能做燒灼止血。部位較高的出血點可用去甲腎上腺素g或新福林稀釋于200ml溫鹽水中保留灌腸，或用凝血酶加入200ml溫鹽水中保留灌腸，一般在1～3分鐘內即可止血。大量難以控制的高位出血需做外科處理。
（6）抗感染 有繼發性感染時，需用抗生素。
（7）α2巨球蛋白 國內已試用α2巨球蛋白治療放射性腸炎，效果良好。用藥后黏膜出血和疼痛明顯好轉。潰瘍趨向愈合。
3.手術治療
腸狹窄、梗阻、瘺道等后期病變多需外科手術治療。
4.中醫治療
中醫學認為，早期的胃腸反應是放射線照射后致津液耗損，胃腸蘊熱。癥見惡心、嘔吐、食納減少。治宜養陰和胃。藥用旋覆花、代赭石降逆止嘔；沙參、玉竹、蘆根養陰清熱；橘皮、竹茹、薏苡仁化痰和胃。另外還可配合針刺內關、足三里等穴位。
放射性小腸炎的預后較放射性結腸、直腸炎為差。2/3輕癥患者可在4～18個月內好轉或痊愈。有人認為廣泛的盆腔手術如再放療則病變組織血供更中不良，其預后常較差。