（1）糞便檢查 ①活滋養體檢查法 常用生理鹽水直接涂片法檢查活動的滋養體。急性痢疾患者的膿血便或阿米巴炎病人的稀便，要求容器干凈，糞樣新鮮、送檢越快、越好，寒冷季節還要注意運送和檢查時的保溫。典型的阿米巴痢疾糞便為醬紅色黏液樣，有特殊的腥臭味。鏡檢可見黏液中含較多粘集成團的紅細胞和較少的白細胞，有時可見夏科-雷登氏結晶和活動的滋養體。這些特點可與細菌性痢疾的糞便相區別。②包囊檢查法 以竹簽沾取少量糞樣，在碘液中涂成薄片加蓋玻片，然后置于顯微鏡下檢查，鑒別細胞核的特征和數目。
（2）阿米巴培養 由于技術操作復雜，需一定設備，且阿米巴人工培養在多數亞急性或慢性病例陽性率不高，似不宜作阿米巴診斷的常規檢查。
（3）組織檢查 通過乙狀結腸鏡或纖維結腸鏡直接觀察黏膜潰瘍，并作組織活檢或刮拭物涂片，檢出率最高。滋養體的取材必須在潰瘍的邊緣，鉗取后以局部稍見出血為宜。膿腔穿刺液檢查除注意性特征外，應取材于膿腔壁部，較易發現滋養體。