1.一般治療
急性期必須臥床休息，必要時給予輸液。根據病情給予流質或半流質飲食。慢性患者應加強營養，以增強體質。
2.病原治療
（1）甲硝咪唑（滅滴靈） 對阿米巴滋養體有較強的殺滅作用且較安全，適用于腸內腸外各型的阿米巴病，為目前抗阿米巴病的首選藥物。
（2）甲硝磺酰咪唑 是硝基咪唑類化合物的衍生物。療效與滅滴相似或更佳。
（3）吐根堿 對組織內滋養體有有高的殺滅作用，但對腸腔內阿米巴無效。本藥控制急性癥狀極有效，但根治率低，需要與鹵化喹啉類藥物等合量用藥。本藥毒性較大，幼兒、孕婦，有心血管及腎臟病者禁用。如需重復治療，至少隔6周。
（4）鹵化喹啉類 主要作用于腸腔內而不是組織內阿米巴滋養體。對輕型、排包囊者有效，對重型或慢性患者常與吐根堿或滅滴靈聯合應用。
（5）其他 安特酰胺、巴龍霉素、安痢平，以上3藥都作用于腸腔內阿米巴。
（6）中草藥 鴉膽子，大蒜，白頭翁。
以上各種藥物除滅滴靈外，往往需要2種或2種以上藥物的聯合應用，方能獲得較好效果。
3.并發癥的治療
在積極有效的滅滴靈或吐根堿治療下，腸道并發癥可得到緩解。暴發型患者有細菌混合感染，應加用抗生素。大量腸出血可輸血。腸穿孔、腹膜炎等必須手術治療者，應在滅滴靈和抗生素治療下進行。
腸阿米巴病若及時治療預后良好。如并發腸出血、腸穿孔和彌漫性腹膜炎以及有肝、肺、腦部轉移性膿腫者，則預后較差。治療后糞檢原蟲應持續6個月左右，以便及早發現可能的復發。
4.診斷性治療
如臨床上高度懷疑而經上述檢查仍不能確診時，可給予足量吐根堿注射或口服安痢平、滅滴靈等治療，如效果明顯，亦可初步作出診斷。