1.直接鏡檢
標本來自上鼻甲刮片、鼻竇吸出物、痰液及活檢標本等，用20%氫氧化鉀制成濕片直接鏡檢，可見典型的厚壁具折光性的菌絲，直徑6～15微秒，亦可見膨大細胞及彎曲菌絲。孢囊梗直接由菌絲長出，菌絲可分支，呈直角。
2.細菌培養
將臨床標本接種于不含放線菌酮的麥芽糖培養基、馬鈴薯培養基及普通沙氏培養基中，37℃或25℃培養，生長較快，初起菌落表面呈棉花樣、白色，漸變為灰褐色或其他顏色。毛霉病發病兇險，而毛霉又常污染痰及環境，故直接鏡檢往往較培養更有意義。
3.X線檢查
X線胸片顯示非特異性肺炎和肺梗死。