1、肺出血-腎炎綜合征的診斷關鍵是確定機體有無抗GBM-肺泡基膜自身體液免疫過程，存在該過程的特征性表現：
(1)血清抗GBM抗體陽性。
(2)肺泡及腎臟基膜有IgG呈線樣沉積。
2、典型患者的診斷完全符合下列三聯征
(1)肺出血，肺泡基膜IgG呈線樣沉積。
(2)急進性腎炎綜合征，腎臟大量新月體形成(毛細血管外增生性腎炎)，可伴毛細血管壞死，GBM有IgG呈線樣沉積。
(3)血清抗GBM抗體陽性。
3、肺出血-腎炎綜合征診斷的注意事項
(1)有些患者肺和(或)腎臟的表現輕微，或者兩個臟器不同步發生病變，有時抗基膜自身免疫過程只發生于肺或腎臟中的任一臟器。
(2)抗GBM腎炎與其他類型的腎小球疾病(主要是膜性腎病)之間有時可相互轉變(見臨床表現)。
(3)偶爾自身免疫功能紊亂會產生非特異性基膜抗體，還可引起肺腎以外的器官損害。
(4)個別情況下如自身免疫高度活動期，大量抗GBM抗體沉積，可發生一過性血清抗GBM抗體陰性，有報道1例有典型的肺出血-腎炎綜合征腎臟臨床與病理表現的患者，同時伴有肺部損害，血清抗GBM抗體陰性，他認為這可能是由于高度活動期間抗體在靶器官內大量沉積所致。
(5)肺出血-腎炎綜合征與血管炎并存，Rydel等報道1例18歲的男性肺出血-腎炎綜合征患者，在進行血漿置換及使用細胞毒性藥物過程中發生難治性癲癇，MRI顯示多發性腔隙性腦梗死(MultipleLacunarInfarcts)，腦脊髓膜活檢顯示血管炎，但血清ANCA持續陰性，給予大劑量皮質激素及細胞毒性藥物后，再使用抗癲癇藥可癥狀控制，Kalluri等報道1例結節性肺部浸潤與急性腎衰竭患者，c-ANCA陽性，腎臟組織檢查顯示新月體性及壞死性腎炎，IgG及C3在腎小球內線樣沉積，血清有高滴度抗GBM-IgG。