1.主要為腹瀉，發生率約為2%。偶見便秘、胃痛、胰腺炎等。
2.肝毒性：熊去氧膽酸對肝臟毒性不明顯。
3.呼吸系統：國外資料報道，可出現支氣管炎、咳嗽、咽炎等呼吸系統的不良反應。
4.中樞神經系統：偶見頭痛、頭暈等。
5.皮膚：可出現瘙癢、脫發等。
6.肌肉骨骼：可出現關節痛、關節炎、背痛和肌痛等。
7.致癌及致突變作用：動物實驗未發現熊去氧膽酸有致突變作用，光鏡和電鏡下觀察未發現肝細胞與熊去氧膽酸一起孵化后有結構上的改變。動物試驗（小鼠和大鼠）表明，熊去氧膽酸用到最大劑量的5.4倍也不會致癌。
8.其他：偶見過敏、心動過緩、心動過速等。