軍團菌為需氧的多性革蘭陰性菌，廣泛存在于自然環境中，其傳染源是水源和空調系統，通過空氣傳播。根據細胞壁組成、生化反應和DNA雜交研究，軍團菌和過去已知的病原菌無關，故構成單獨一個科。軍團菌科僅有一個屬，即軍團菌屬。我國已定型者有Lp1，Lp3，Lp5，Lp6，Lp9等。
引起疾病者主要是嗜肺軍團菌（Lp）和麥氏軍團菌；嗜肺軍團菌有15個血清型，約90%屬血清Ⅰ型。軍團桿菌為革蘭陰性桿菌，軍團菌可產生多種酶和毒素，包括蛋白酶、磷酸酯酶、脫氧核糖核酸酶、β內酰胺酶以及細胞毒素，可能與毒力有關。軍團菌的生長可得到一些自由生活原蟲的支持，或在其體內寄生，如阿米巴。原蟲和軍團菌相互作用，且原蟲可改變軍團菌的毒力。