人類的肺炎衣原體感染是世界普遍性的。肺炎衣原體傳染途徑是通過呼吸道分泌物的人-人傳播。因此，在半封閉的環境如家庭、學校、軍隊以及其他人口集中的工作區域可存在小范圍的流行。肺炎衣原體的感染還可能與哮喘、冠心病及動脈粥樣硬化的發病、慢性阻塞性肺疾病的急性發作和惡化有關。目前，肺炎衣原體已是繼肺炎雙球菌和流感嗜血桿菌之后引起社區獲得性肺炎的主要病原體，與嗜肺軍團菌和肺炎支原體一起成為社區獲得性肺炎的三種非典型病原體，占社區獲得性肺炎的10%～20%。
