隱孢子蟲生活史簡單，繁殖方式包括無性的裂體增殖和孢子生殖及有性的配子生殖，兩種方式在同一宿主體內完成。卵囊隨宿主糞便排出后即具有感染性，被人和易感動物吞食后，在消化液的作用下，子孢子逸出，侵入腸上皮細胞，發育為滋養體，經3次核分裂發育為含有8個裂殖子的工型裂殖體。裂殖子釋出后侵入腸上皮細胞發育為第2代滋養體，經2次核分裂發育為Ⅱ型裂殖體。成熟的Ⅱ型裂殖體內含4個裂殖子，此裂殖子釋出后再侵入上皮細胞發育為雌、雄配子體，進一步發育為雌、雄配子，兩者結合后形成合子，合子發育成卵囊。成熟的卵囊含4個裸露的子孢子，卵囊有薄壁和厚壁兩種類型。薄壁卵囊內子孢子逸出后直接侵入腸上皮細胞，進行裂體增殖，形成自體感染；厚壁卵囊（約占80%）在腸上皮細胞或腸腔內經孢子化（形成子孢子），在囊內形成4個子孢子后，隨宿主糞便排出體外。完成整個生活史需5~11天。