根據發病原因的不同，舌咽神經痛同樣也可以分為原發性舌咽神經痛和繼發性舌咽神經痛兩種。
1.原發性舌咽神經痛
原發性舌咽神經痛的病因仍不清楚，可能是神經脫鞘所致。其臨床表現特點：
（1）疼痛 發生在一側舌根、咽喉、扁桃體、耳根部及下頜后部，有時以耳根部疼痛為主要表現。
（2）發作情況和疼痛性質 同三叉神經痛、疼痛通常驟然發作、突然停止，每次發作持續時間多為數秒或數十秒，一般不超過兩分鐘。亦可呈刀割、針刺、撕裂、燒灼、電擊樣劇烈疼痛。
（3）誘發因素 常于吞咽、說話、咳嗽或打哈欠時誘發疼痛。
（4）扳機點 往往有扳機點，部位多在咽后壁、扁桃體、舌根等處，少數可在外耳道。
（5）其他癥狀 吞咽動作常會誘發疼痛發作，雖然發作間歇期無任何異常，但懼怕誘發疼痛而不敢進食，患者常有消瘦、脫水、喉部痙攣感、心律不齊及低血壓性暈厥等癥狀。
（6）神經系統檢查正常。
臨床上多見的舌咽神經痛多半是屬于原發性舌咽神經痛，暫時止痛效果不佳。
2.繼發性舌咽神經痛
某些小腦腦橋角腫瘤、蛛網膜炎、血管性疾病、鼻咽部腫瘤或莖突過長癥等均可激惹舌咽神經而引起舌咽神經分部區域的疼痛，稱為繼發性。