臨床上需和能引起延髓麻痹的其他疾病鑒別。
1.重癥肌無力常有延髓癥狀，但無肌肉萎縮及肌束顫動，受累肌群的無力常表現為晨輕晚重、病態疲勞。必要時可肌注新斯的明，作藥物試驗。
2.急性感染性多發性神經炎起病較急，常有四肢遠端對稱性無力，呈弛緩性癱瘓，腦脊液有蛋白質與細胞分離現象。
3.延髓空洞癥及腦干腫瘤有時與本病相似，但均伴有感覺障礙。
4.橋腦小腦角或枕骨大孔區腫瘤，常累及延髓神經，但往往是一側性，并常有感覺障礙。
5.假性延髓麻痹是兩側皮質延髓束受損產生，常為多次腦血管意外的后遺癥，亦可見于多發性硬化癥的患者中。臨床表現為受延髓支配的肌肉癱瘓，但無舌肌萎縮及其肌束顫動。患者軟腭反射、咽壁反射、下頜反射均活躍或增強，并可出現強哭強笑。