土壤微生物活性測定的結果不能算是土壤微生物呼吸。
土壤微生物活性表示土壤中整個微生物群落或其中的一些特殊種群狀態，可以反映自然或農田生態系統的微小變化。土壤微生物活性的表征量有:微生物量、C/N、土壤呼吸強度和纖維呼吸強度、微生物區系、磷酸酶活性、酶活性等。
土壤呼吸強度和纖維分解強度是土壤微生物活性的重要標志，反映了土壤中微生物活性及對有機質殘體分解的速度和強度。纖維素分解強度采用埋片法；呼吸強度采用堿吸收滴定法。土壤微生物活性用土壤呼吸CO2測定法（5g鮮土于310mL試劑瓶中，22℃24h測CO2釋放量(用exH23os紅外CO:分析儀測定)）。直接測定土壤呼吸的方法基本可分為靜態氣室法、動態氣室法和微氣象法三種。
土壤酶大多數來自土壤微生物，在土壤中已發現50—60種酶，它們參與并催化土壤中發生的一系列復雜的生物化學反應。如水解酶和轉化酶對土壤有機質的形成和養分循環具有重要的作用。已有研究表明，土壤酶活性和土壤結構參數有很好的相關性。土壤微生物酶主要有脫氫酶、磷酸酶、精氨酸酶及芳基硫酸酯酶等。