目前,根據模板分子和聚合物單體之間形成多重作用點方式的不同，分子印跡技術可以分為兩類：
1.共價鍵法（預組裝方式）
聚合前印跡分子與功能單體反應形成硼酸酷、西夫堿、亞胺、縮醛等衍生物，通過交聯劑聚合產生高分子聚合物，用水解等方法除去印跡分子即得到共價結合型分子印跡聚合物。
2.非共價鍵法（自組裝方式）
非共價鍵法是制備分子印跡聚合物最有效且最常用的方法。這些非共價鍵包括靜電引力（離子交換）、氫鍵、金屬鰲合、電荷轉移、疏水作用以及范德華力等。其中最重要的類型是離子作用，其次是氫鍵作用。
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