優點
熒光原位雜交(FISH)法和輻射雜種細胞系(RH)技術是國際上最常用的基因定位的兩種方法，各有優缺點。FISH可以定位基因組中多個同源位點，結果直觀、可靠，而RH法則很困難。但是FISH法檢測步驟繁雜，尤其受探針大小的影響較大，2kb以下的cDNA序列很難定位，而且結果需要有經驗的細胞遺傳學家進行分析。RH法簡單易行，定位精度高，適合小于lkb--2kb以下的序列，根據統計學方法可直接定位。其結果也便于不同實驗室間比較。和其他作圖法相比，RH作圖法是依賴于輻射引起的斷點而不是靠減數分裂重組得到的斷點，是一種完全獨立的方法，所以是一個互補的作圖方法，可利用所有不同的STSs，具有巨大的DNA補充潛力，從而有利于整合不同的遺傳和轉錄圖以及所有基因組位標(無名序列、中心粒和端粒)。缺點
但是RH法也受到某些自身條件的限制，RH嵌板中每個雜交克隆均包括倉鼠和人的基因組DNA，可以看作是在倉鼠基因組DNA背景下相區別。如有些基因無法定位的原因即在于它的序列包括閱讀框架以及3，UTR區域與倉鼠的相似性高達90%以上。此外，做ESTs或全長cDNA定位的引物為cDNA序列，而RH法是在基因組DNA上擴增出相應的片斷，由于內含子序列的存在，擴增結果與引物設計的部位直接有關，一般應選用3，UTR部位的序列。還應指出，用RH法能否成功定位，依賴于該基因所在染色體區域上合適位標的存在。如果現有的RH圖中此區域分布的合適位標過少，可改用位標位點多的嵌板。因此隨著今后RH圖精度的提高，越來越多的STSs被放置于染色體上，有望彌補這個缺陷。