潛伏期為1-3周，典型的急性期癥狀與其他非淋病性生殖泌尿系統感染相似，表現為尿道刺痛，不同程度的尿急及尿頻、排尿刺痛，特別是當尿液較為濃縮的時候明顯。尿道口輕度紅腫，分泌物稀薄，量少，為漿液性或膿性，多需用力擠壓尿道才見分泌物溢出，常于晨起尿道口有少量粘液性分泌物或僅有痂膜封口，或見污穢褲襠。約有三分一的病人可無任何自覺癥狀。只是在例行檢查時才被發現。50%病人初診被忽略或誤診，約有10%-20%的患者同時有淋球菌雙重感染。
亞急性期常合并前列腺感染，患者常出現會陰部脹痛、腰酸、雙股內側不適感或在做提肛動作時有自會陰向股內側發散的刺痛感。肛診時前列腺縱溝不明顯或表面類似核桃殼凹凸不平，少數病例B型超聲波診斷可證實不同程度的增大。合并副睪炎者不多見。
女性患者多見以子宮頸為中心擴散的生殖系炎癥。多數無明顯自覺癥狀，少數重癥病人有陰道墜感，當感染擴及尿道時，尿頻、尿急是引起病人注意的主要癥狀。感染局限在子宮頸，表現為白帶增多、混濁、子宮頸水腫、充血或表面糜爛。感染擴及尿道表現為尿道口潮紅、充血、擠壓尿道可有少量分泌物外溢，但很少有壓痛出現。
人型支原體感染常見的合并癥為輸卵管炎，少數患者可出現子宮內膜炎及盆腔炎。