1.基因組由兩個反向重復序列（IR）和一個短單拷貝序列（short single copy sequence, SSC）及一個長單拷貝序列（long single copy sequence, LSC）組成；
2.IRA和IRB長各10-24Kb，編碼相同，方向相反。
3.cpDNA啟動子和原核生物的相似，有的基因產生單順反子的mRNA，有的為多順反子mRNA；
4.盡管cpDNA大小各不相同，但基因組成是相似的，而且所有基因的數目幾乎是相同的，它們大部分產物是類囊體的成分或和氧化還原反應有關（表20-7）；
5.其tRNA基因（IRA、IRB上各有7個，LSC上有23個，共37個）中有內合子存在，最長者達2526bp，此和原核tRNA不同。有的內合子位于D環上，此和原核tRNA不同。有的內含子位于D環上，此和真核生物核tRNA內含子常位于反密碼子環上也不相同；
6.所有葉綠體基因轉錄的mRNA都由葉綠體核糖體翻譯。