CT的掃描檢查工作大體可分成以下五個步驟：
1.輸入病人的資料
此項工作在操作臺上通過鍵盤或觸摸屏進行（通常有監視器屏幕提示）。其中包括病人的姓名、性別、出生年月、CT號等。選擇掃描方向，是頭先進還是足先進。病人的位置是仰臥、俯臥、左側還是右側臥。如果是增強掃描，要注明（如C＋），其他特殊掃描方式，必要時也應注明。
2.擺病人體位
擺體位是將病人準確、舒適地按照檢查要求安置在檢查床上。安置前首先根據檢查的要求確定是仰臥還是俯臥，頭先進還是足先進，然后幫助病人躺下，并根據檢查的需要采用適當的輔助裝置，固定病人的檢查位置。如頭顱檢查采用頭顱掃描架，膝關節掃描使用的膝關節托等。按照不同的檢查部位升高檢查床床面，開啟定位指示燈，將病人送入掃描孔內，具體的進床深度視檢查部位而異，熄滅定位指示燈，并將床位指示復零，此舉主要的目的是使掃描時床移動有一個相對固定和易于記憶的參照值。
3.掃描前定位
定位也就是確定掃描范圍。可采用兩種方法。一是掃描定位片，根據檢查的要求定位片可以是前后位或側位，然后利用CT機掃描軟件中的定位功能確定掃描的起始線和終止線。這種方法比較直觀、準確。目前的CT檢查大都采用此法。另外一種方法是在擺體位時，利用定位指示燈直接從病人的體表上定出掃描的起始位置。這種方法節省時間，且可以省去一張定位片，但缺點是定位不如掃描定位片準確。此外，定位片除了確定掃描的范圍外，也相當于常規X線檢查的一張平片，有一定程度的診斷意義。定位掃描的具體方法是，通過鍵盤或鼠標等工具選擇定位掃描，然后，根據得到的定位片直接在監視器屏幕的圖像上，確定掃描的起始線、終止線和范圍。
4.掃描
掃描是CT檢查的主要步驟，目前的CT機大都有橫斷面掃描（軸掃）、螺旋掃描（單層或多層螺旋掃描）和其他的一些特殊掃描功能，具體采用那種方式，需要操作者在掃描前選定。根據不同的機器，掃描過程還可分為手動方式和自動方式。手動方式即掃描完一層后，需要做下一層的操作選擇，并每次按曝光按鈕。而自動方式則只需按一次曝光按鈕，即可完成整個由定位片確定的掃描范圍。掃描的具體步驟是：先確定掃描方式，然后選擇掃描條件及按下曝光按鈕。整個掃描過程中，操作者要密切觀察每次掃描的圖像，根據需要有時要調整掃描的范圍等（如被掃描部位在圖像中的位置是否適當等）。
5.照相和存儲
照相和存儲是完成整個CT檢查的最后一步工作，根據不同的機器情況照相可自動拍攝完成或手工拍攝完成。自動拍攝是指在CT機上可預先設置，操作者只需要在每次掃描開始時調整好窗寬、窗位，掃描完畢CT機會自動根據設置依次將所有掃描的圖像拍攝完成。手工拍攝是掃描完成后，由人工一幅、一幅拍攝。自動拍攝速度快、簡便，但對所有掃描圖像無法選擇及做圖像的后處理；手工拍攝速度較慢，但可有選擇地拍攝，并可根據需要進行放大、測量和CT值等后處理工作。一般掃描完畢的CT圖像都暫存于CT機的硬盤上，如須永久存儲，可選擇磁帶、光盤等存儲介質。存儲的操作，通常在選定需要存儲的病人后，輸入存儲的指令即可。
