核蛋白（nuclear protein）是指在細胞質內合成， 然后運輸到核內起作用的一類蛋白質。如各種組蛋白、DNA合成酶類、RNA轉錄和加工的酶類、各種起調控作用的蛋白因子等。
核蛋白一般都含有特殊的氨基酸信號序列， 起蛋白質定向、定位作用。
