被人們公認的標準內含肽的結構模體為：N端剪接區+中部歸巢核酸內切酶區域+ C剪接區域 。兩端剪接區參與蛋白質的剪接，中部區域參與蛋白質歸巢過程，少數內含肽不含核酸內切酶區域。全功能型內含肽包括8個保守區或基序，一般由244～1650個氨基酸堿基組成，大部分在500個氨基酸殘基左右。自導引歸巢核酸內切酶將剪接功能區分為含有A和B保守區的N端和含有G和F的C端功能區。從N端開始到C端依次為A、B、C、D、E、H、F、G，其中C、D、E、H屬于自導引歸巢核酸內切酶家族。微型內含肽均帶有A、B、F、G保守區，一般由128～1309個氨基酸殘基組成，大部分為160個左右氨基酸殘基自導引歸巢核酸內切酶(Homing endonuclease)活性在識別序列和功能上與核酸內含子(Intron)的自導引歸巢核酸內切酶類似，具有位點特異性，可以在無Intein等位基因的雙鏈DNA位點定點切割，引起Intein的插入。N端和C端的序列高度保守；絕大多數內含肽均以Ser/Cys作為N端起始氨基酸，以Asn作為C端末位氨基酸，包含了剪接過程的所有信息.。僅有兩種內含肽的C端為Gln。90% 的內含肽c端的倒數第二個殘基為His，其作用是輔助相鄰的末位Asn環化天冬酰胺的環化是內含肽剪接過程中關鍵的一步，其過程是不可逆的。