原核生物的翻譯要靠核糖體30S亞基識別mRNA上的起始密碼子AUG，以此決定它的可譯框架，AUG的識別由fMet-tRNA中含有的堿基配對信息（3'-UAC-5')來完成。原核生物中還存在其他可選擇的起始密碼子，14%的大腸桿菌基因起始密碼子為GUG，3%為UUG，另有2個基因使用AUU。這些不常見的起始密碼子與fMet—tRNA的配對能力較AUG弱，從而導致翻譯效率的降低。有研究表明，當AUG被替換成GUG或UUG后，mRNA的翻譯效率大大降低了。
