糞隱血試驗及尿三膽試驗均為簡單而有價值的檢驗方法。胃液分析及十二指腸引流對于胃及膽道疾病可提供診斷的依據。肝功能檢查項目多,意義各異,應適當選擇。細胞學檢查對食道、胃及結腸癌的診斷頗有幫助。腫瘤標志物的檢查,如AFP、CEA及CA19-9都有一定價值。自身抗體檢查如抗線粒體抗體等對消化系自身免疫性疾病的診斷有一定幫助。